莲花山所处地域在28亿年前还是一片汪洋大海，后来经过五次大的地质地壳运动，经过凸起、断裂、崩塌，才形成了莲花山山势陡峭、奇峰林立、沟深谷幽、流泉飞瀑、岩石奇特的模样，留下了丰富的地质遗迹。2006年莲花山发现了距今28亿年前的科马提岩，是一种富含高铁镁等多种金属元素的超基性熔岩，是亚洲唯一被公认的具有典型鬣刺结构的太古宙超基性喷出岩，被称为“地球上最古老的岩石”，全世界仅有4处拥有，分别是南非、加拿大、澳大利亚和中国新泰莲花山，它的发现对我国乃至世界早期前寒武纪地质演化历史研究具有重大意义，莲花山因此成为自然观光旅游、探险性山地旅游和地质科学科普的代表地区。